منابع تامین آب مصرفی ( اعم از رودخانه ها، چاهها، چشمه ها، سدها و ... ) آلوده به میکروب ها و میکروارگانیزمهایی هستند که استفاده از این آبها را بدون طی کردن مراحل تصفیه آب و ضدعفونی کردن، برای ما غیر ممکن می سازند. در تصفیه خانه های شهری بمنظور تصفیه آب، اقدام به اضافه کردن کلر به آب می نمایند . استفاده از کلر جهت تصفیه آب شهری دارای معایب و مزایایی می باشد که در این بخش به بررسی معایب و مزایای کلرزنی می پردازیم .
از جمله مزایا کلرزنی در مراحل تصفیه آب می توان به این نکته اشاره نمود که فرایند ذکرشده علاوه بر اینکه دارای هزینه اندک می باشد اما بدلیل اثرات باقی مانده کلر در آب ، سلامت نسبی آب در مسیر لوله کشی و آبرسانی تضمین میگردد .

پس از فرایند کلرزنی در طی مراحل تصفیه آب با کشته شدن میکروارگانیزمهای موجود در آب ، لاشه میکروارگانیزم ها در آب باقی خواهد ماند. این لاشه ها ممکن است خود منبع غذایی مناسبی برای سایر انگل ها و باکتریهای که پس از گندزدایی اولیه وارد آب می شوند، گردد و این نیز خود منشا دیگری برای آلودگی به حساب می آید .از طرفی گروهی از میکروارگانیزمها مانند کریپتوس پرودیوم نسبت به کلر مقاوم هستند و با این روش هرگز از بین نخواهند رفت.
با اضافه شدن کلر به عنوان گندزدایی کننده در تصفیه آب ، در اثر ترکیب آن با مواد آلی موجود در آب موجب تولید تری هالومتان ها یا هالوفرم ها می گردد. شواهدی در دست است که این ترکیبات خاصیت سرطانزایی دارند.

از طرفی دیگر تماس کلر باقی مانده در آب لوله کشی شهری با پوست و موی انسان موجب ایجاد حساسیت، ریزش مو و مشکلات دیگر می گردد .استنشاق گاز کلر در استخر ها یا حمام ها برای ریه انسان بسیار مضر بوده و اثرات بدی را برای سلامتی انسان به همراه دارد .
اثرات زیانباری که کلر باقیمانده بر روی سلامتی انسان دارد موجب نگرانی بسیار در میان عموم مردم گردیده لذا کارشناسان توصیه می نمایند بمنظور مقابله با اثرات زیانبار کلر در آب آشامیدنی ، کلر باقیمانده در آب قبل از مصرف توسط دستگاه تصفیه آب از آب مصرفی حذف گردیده و در نهایت اقدام به نوشیدن و استفاده از آب سالم نماییم .